Výpočetní cluster a úložiště Botanického ústavu & MetaCentra

User Tools

Site Tools


en:pristup

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Next revision
Previous revision
en:pristup [2020/06/10 15:48]
Vojtěch Zeisek created
en:pristup [2020/08/18 09:06] (current)
Vojtěch Zeisek [Access to the computing cluster of IBOT for employees and collaborators]
Line 1: Line 1:
-FIXME **This page is not fully translated, yet. Please help completing the translation.**\\ //(remove this paragraph once the translation is finished)// 
- 
 Back to [[en:bu-metacentrum-vyuziti|the Institute of Botany & MetaCentrum, usage of the computing resources]] and see also [[en:prace|work on the cluster]]. Back to [[en:bu-metacentrum-vyuziti|the Institute of Botany & MetaCentrum, usage of the computing resources]] and see also [[en:prace|work on the cluster]].
  
 ====== Access to the computing cluster of IBOT for employees and collaborators ====== ====== Access to the computing cluster of IBOT for employees and collaborators ======
  
-  - Complete the application for the MetaCentrum (you can register under any organization, not solely IBOT). +  - Complete [[https://metavo.metacentrum.cz/en/application/|the application for the MetaCentrum]] (you can register under any organization, not solely IBOT). 
-  - Join the ibot group by contacting the cluster’s administrator. Membership of this group is not mandatory for using the computing resources, but grants a higher priority. +  - Join the **ibot** group by contacting the [[en:spravci-podpora|cluster’s administrator]]. Membership of this group is not mandatory for using the computing resources, but grants a higher priority. 
-  - It is recommended that computational tasks are prepared on the frontend node tilia.ibot.cas.cz (alias tilia.metacentrum.cz), although this is not a requirement. +  - It is recommended that computational tasks are prepared on the [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Frontend|frontend]] node ''tilia.ibot.cas.cz'' (alias ''tilia.metacentrum.cz''), although this is not a requirement. 
-  - Data can be stored on the Průhonice data storage (again not a requirement) at /storage/pruhonice1-ibot/+  - Data can be stored on the [[en:datove-uloziste|Průhonice data storage]] (again not a requirement) at ''/storage/pruhonice1-ibot/''
-  - At submission to the computing queue, by adding to the qsub command the q ibot parameter, the analysis will be carried on our cluster, e.g. qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l select=1:ncpus=1:mem=1gb:scratch_local=1gb -m abe script.sh.+  - At submission to the computing queue, by adding to the ''qsub'' command the ''-q ibot'' parameter, the analysis will be carried on our cluster, e.g. ''qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l select=1:ncpus=1:mem=1gb:scratch_local=1gb -m abe script.sh''.
  
-  - Vyplňte [[https://metavo.metacentrum.cz/cs/application/|přihlášku do MetaCentra]] (můžete se přihlásit pod libovolnou institucí, ne nutně jen BÚ). +Employees and students from other organizations can submit tasks and run [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Kategorie:Applications|any applications]] on the Průhonice cluster using the same [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Categorized_list_of_topics|requesting commands]] and following the same [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Usage_rules|rules]] as for any other node in the MetaCentrum.
-  - Přihlaste se do skupiny ibot --- [[cs:spravci-podpora|kontaktujte správce]] (pro zaměstnance a spolupracovníky BÚ --- jejich úlohy se na průhonickém clusteru budou spouštět s vyšší prioritou). Členství ve skupině není nutné, jen dává uživateli vyšší prioritu. +
-  - Úlohy můžete připravovat (ale není to nutné) na [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/%C4%8Celn%C3%AD_uzel|čelním uzlu]] ''tilia.ibot.cas.cz'' (alias ''tilia.metacentrum.cz''). +
-  - Data můžete uložit (ale není to nutné) na [[cs:datove-uloziste|průhonickém datovém úložišti]] ''/storage/pruhonice1-ibot/''+
-  - Při spouštění úlohy přidejte k příkazu ''qsub'' parametr ''-q ibot'' --- úloha se spustí na průhonickém clusteru. Např. ''qsub -l walltime=1:0:0 **-q ibot** -l select=1:ncpus=1:mem=1gb:scratch_local=1gb -m abe skript.sh''+
- +
-Employees and students from other organizations can submit tasks and run any applications on the Průhonice cluster using the same requesting commands and following the same rules as for any other node in the MetaCentrum. +
- +
-Pro zaměstnance a studenty ostatních institucí platí stejná [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Pravidla_vyuziti|pravidla]] [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Rozcestnik|postupy]] jako pro jakékoliv jiné uzly MetaCentra, lze spouštět libovolné [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Kategorie:Applications|aplikace]].+
  
 ===== Login into MetaCentrum infrastructure ===== ===== Login into MetaCentrum infrastructure =====
  
-All logins intro MetaCentrum infrastructure, including application (and e.g. ownCloud or FileSender) use EduID: +All logins intro MetaCentrum infrastructure, including [[https://metavo.metacentrum.cz/en/application/|application]] (and e.g. [[https://owncloud.cesnet.cz/|ownCloud]] or [[https://filesender.cesnet.cz/|FileSender]]) use [[https://www.eduid.cz/en/index|EduID]]:
- +
-Veškerá přihlášení do infrastruktury MetaCentra, včetně [[https://metavo.metacentrum.cz/cs/application/|přihlášky]] (dále např. [[https://owncloud.cesnet.cz/|ownCloud]] nebo [[https://filesender.cesnet.cz/|FileSender]]) používají [[https://www.eduid.cz/|EduID]]:+
  
 {{ :eduid.png?600 |EduID}} {{ :eduid.png?600 |EduID}}
  
 After finding and selecting Institute of Botany, the user is redirect to page requesting loging with institutional credentials. User name and password for VERSO are used (no domain): After finding and selecting Institute of Botany, the user is redirect to page requesting loging with institutional credentials. User name and password for VERSO are used (no domain):
- 
-Po nalezení a vybrání Botanického ústavu je uživatel přesměrován na stránku, kde se přihlásí svým ústavním jménem a heslem. Používají se jméno a heslo pro VERSO (ne pro doménu): 
  
 {{ :login.png?600 |Přihlášení}} {{ :login.png?600 |Přihlášení}}
  
 If the user from the Institute of Botany does not have VERSO user name and password, it is necessary to visit https://praha.verso.eis.cas.cz/ and request sending of forgotten password (figure below; using institutional e-mail or personal number). After obtaining user name and password it is possible to use the above login screen. If the user from the Institute of Botany does not have VERSO user name and password, it is necessary to visit https://praha.verso.eis.cas.cz/ and request sending of forgotten password (figure below; using institutional e-mail or personal number). After obtaining user name and password it is possible to use the above login screen.
- 
-Pokud uživatel z Botanického ústavu nemá jméno a heslo do VERSa, musí si na https://praha.verso.eis.cas.cz/ nechat zaslat zapomenuté heslo (obrázek níže; pomocí ústavního mailu nebo osobního čísla). Po získání jména a hesla se může přihlásit pomocí obrazovky výše. 
  
 {{ :verso.png?600 |VERSO}} {{ :verso.png?600 |VERSO}}
  
en/pristup.1591804084.txt.gz · Last modified: 2020/06/10 15:48 by Vojtěch Zeisek