Rozdíly

Zde můžete vidět rozdíly mezi vybranou verzí a aktuální verzí dané stránky.

--- cs:prace [2020/06/08 10:19] – vytvořeno Vojtěch Zeisek
+++ cs:prace [2023/06/27 09:52] (aktuální) – Vojtěch Zeisek
@@ Řádek 1: / Řádek 1: @@
+Zpět na [[cs:bu-metacentrum-vyuziti|Botanický ústav & MetaCentrum, využití výpočetního výkonu]].
 ====== Práce na clusteru ======
 {{ :konsole.png?200|}}
-Na MetaCentru (včetně našeho clusteru) [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Jak_po%C4%8D%C3%ADtat|se pracuje]] v linuxové příkazové řádce, [[https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Kategorie:Pro_za%C4%8D%C3%A1te%C4%8Dn%C3%ADky|noví uživatelé]] se s ní musí seznámit. Uživatel si připraví skript provádějící výpočet, který spustí pomocí příkazu qsub. Chce-li uživatel spustit úlohu explicitně na průhonickém clusteru, musí k příkazu ''qsub'' přidat parametr ''-q ibot'', popřípadě i ''-l cluster=carex'', ''-l cluster=draba'' nebo ''-l cluster=vinca'' nebo jinou specifikaci, kterou lze nastavit [[https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/qsub_pbspro|v plánovači]]. Např.:
+> :!: **Základní informace o práci v MetaCentru jsou v [[https://docs.metacentrum.cz/|jeho dokumentaci]].** Než se pustíte do práce na MetaCentru, přečtěte si dokumentaci a naučte se pracovat v linuxové příkazové řádce. :!:
+Na MetaCentru (včetně našeho clusteru) [[https://docs.metacentrum.cz/basics/concepts/|se pracuje]] v linuxové příkazové řádce (uživatel [[https://docs.metacentrum.cz/access/log-in/|se přihlašuje]] přes **SSH**), noví uživatelé se s ní musí [[cs:zaklady-prikazove-radky|seznámit]]. Uživatel si připraví skript provádějící výpočet, který spustí pomocí příkazu ''qsub''.
+Chce-li uživatel spustit úlohu explicitně na průhonickém clusteru, musí k příkazu ''qsub'' přidat parametr ''-q ibot'', popřípadě i ''-l cluster=carex'', ''-l cluster=draba'' nebo ''-l cluster=vinca'' nebo jinou specifikaci, kterou lze nastavit [[https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/qsub_pbspro|v plánovači]]. Např.:
 <code bash spusteni_ulohy.sh>
+# Přihlášení na čelní uzel
+ssh UZIVATEL@tilia.ibot.cas.cz
+# Příprava úlohy...
+# ...a její spuštění:
 qsub ... -q ibot ...
-qsub ... -q ibot -l cluster=carex ...
+qsub ... -l select=...:cluster=carex -l -q ibot ...
-qsub ... -q ibot -l cluster=draba ...
+qsub ... -l select=...:cluster=draba -l -q ibot ...
-qsub ... -q ibot -l cluster=vinca ...
+qsub ... -l select=...:cluster=vinca -l -q ibot ...
-qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l \
+qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l select=1:ncpus=4:mem=4gb:scratch_local=1gb -m abe skript.sh
-  select=1:ncpus=4:mem=4gb:scratch_local=1gb \
-  -m abe skript.sh
 </code>
@@ Řádek 19: / Řádek 28: @@
 qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l select=1:ncpus=8:mem=500gb:scratch_local=5100gb:hyperthreading=True:cluster=carex -l place=exclhost -m abe skript.sh
 qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l select=1:ncpus=80:mem=1500gb:scratch_local=5100gb:hyperthreading=True:cluster=draba -l place=exclhost -m abe skript.sh
-qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l select=1:ncpus=16:mem=500gb:scratch_local=5100gb:hyperthreading=True:cluster=vince -l place=exclhost -m abe skript.sh
+qsub -l walltime=1:0:0 -q ibot -l select=1:ncpus=16:mem=500gb:scratch_local=5100gb:hyperthreading=True:cluster=vinca -l place=exclhost -m abe skript.sh
 </code>
@@ Řádek 25: / Řádek 34: @@
 Uživatelé bez dostatečných znalostí práce v linuxové příkazové řádce by měli začít studiem, např. [[https://soubory.trapa.cz/linuxcourse/|Kurzem práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum]] [[https://trapa.cz/cs/|Vojtěcha Zeiska]].
+----
+Dále vizte [[cs:pristup|přístup k výpočetnímu clusteru Botanického ústavu pro zaměstnance a spolupracovníky BÚ]].

Uživatelské nástroje

Nástroje pro tento web

Rozdíly

Nástroje pro stránku